Desde el punto de vista tributario, las maquiladoras están sujetas principalmente al Impuesto sobre la Renta (ISR) y al Impuesto al Valor Agregado (IVA). En materia de ISR, operan bajo reglas especiales de precios de transferencia que buscan evitar la doble tributación internacional. Estas reglas permiten reportar una utilidad fiscal mínima y, al mismo tiempo, evitan que el inversionista extranjero genere un establecimiento permanente en México. La tasa de ISR es del 30% y se calcula con base en el mecanismo conocido como "safe harbor".
Respecto al IVA, el programa IMMEX permite a las maquiladoras importar insumos temporalmente sin pagar IVA en aduana, siempre que cuenten con la certificación IVA/IEPS. Esto mejora su flujo de efectivo, pero también las obliga a llevar un control riguroso de inventarios y exportaciones. Dado que sus ventas de exportación están gravadas a tasa 0%, las maquiladoras suelen tener saldos a favor de IVA por el acreditamiento de insumos nacionales, mismos que pueden solicitar en devolución.
El Programa IMMEX se obtiene mediante solicitud ante la Secretaría de Economía. Requiere ser persona moral, contar con instalaciones productivas y demostrar un proyecto viable de exportación. Posteriormente, la empresa debe tramitar la certificación IVA/IEPS…